近日，《International Journal of Molecular Sciences》期刊发表张盖华副教授课题组研究论文“ARIP: A Tool for Precise Interatomic Contact Area and Volume Calculation in Proteins”。硕士研究生马涛和李文辉为共同第一作者，张盖华副教授和刘中华教授为通讯作者。

作为关键因素，氨基酸残基的相互作用模式决定蛋白质三级结构和柔韧性，进而影响蛋白质的功能和与其他分子的相互作用。本研究提出了ARIP，一种识别蛋白质内的残基相互作用的新工具。ARIP采用改进的点云算法和原子重叠加权算法，根据范德华半径计算原子之间的接触面积和体积。该工具还考虑到了溶剂对残基相互作用的影响。

除了蛋白质，ARIP工具还可以分析核酸和复合物，并且能够分析单个PDB文件中的多个构象，适合于分子动态捕获。此外，该工具已有以下应用场景：捕获P4HB结构中关键的残基相互作用；CYP17A1的蛋白质-药物结合；SPI1的蛋白质-DNA结合；BRD4的分子动力学模拟。总的来说，该工具计算的接触体积，为分子内和分子间相互作用的分析和评分函数的开发提供了更丰富的信息。

文章链接：https://doi.org/10.3390/ijms25105176

第一作者：马涛