近日,由刘中华/周熙与浙江大学侯廷军/朱峰团队联合构建的生物毒素数据库——BioTD(Biotoxins Database)正式上线,相关成果以应用论文(Application Note)形式发表于国际权威期刊《Journal of Chemical Information and Modeling》(《化学信息与建模杂志》,JCIM),作为开源生物毒素数据库,BioTD 完全免费向公众开放,网址为 http://biotoxin.net/ 。该数据库已授权软件著作权。

附:实验室有毒动物多肽毒素样品库和数据库介绍
根据多肽毒素的基因和氨基酸序列、结构等特征,发展了基于全长转录组和多肽de novo质谱测序的多肽毒素组解析技术,解决了毒液中微量成分识别难的问题,全息展示多肽毒素的基因和氨基酸序列,并解决了含二硫键(≧3对)复杂长肽毒素(>30 AA)化学合成和基因工程表达制备难题,建立了多肽毒素高效挖掘技术体系。通过研究蜘蛛、蝎、蜈蚣等50余种有毒动物,建立了多肽毒素样品库(0.1-10mg),包含5000余个多肽(全新序列4500余个)。每个多肽样品均包括物种、基因序列、氨基酸序列、分子量、RP-HPLC谱、质量等信息。
完成了虎纹捕鸟蛛、海南捕鸟蛛、家福捕鸟蛛、越南捕鸟蛛、敬钊缨毛蛛、雷氏大疣蛛、触形大疣蛛、间斑寇蛛(黑寡妇)、新疆穴居狼蛛、林芝狼蛛、带斑狼蛛、黑腹狼蛛、白额高脚蛛、褐腹蛟蛛、梨形狡蛛、屏东猎人蛛、大腹园蛛、斑络新妇、棒络新妇、沟纹硬皮地蛛、智利火玫瑰等21种蜘蛛的多肽毒素组学研究,是世界上蜘蛛多肽毒素研究物种数最多的团队之一,约占国际报道的三分之一。
建立了国际上信息量最大、唯一定量描述多肽毒素与靶点相互作用的综合性多肽毒素数据库BioTD。数据库涵盖 900 多个物种(如蛇、蜘蛛、蝎子、蜗牛等)中的14607个毒素数据,几乎覆盖了已知的所有毒素类型;BioTD 对毒素序列进行了细化分析,区分了完整序列和信号肽序列,并标注了二硫键信息,用户可从中提取有价值的毒素序列信息。数据库详细描述了 8,184 个毒素的实验活性信息,如安全性(致死浓度 / 剂量、治疗指数)、动力学参数(如 Kd、Ki、Kact、Tau (off))、靶点活性(如靶点类型、有效浓度 / 剂量、抑制浓度)、溶血相关参数(如溶血率、最小凝固剂量、最小血凝浓度),以及其他影响生理状态的生理指标。BioTD数据库为筛选药物先导分子和药理学工具奠定了坚实基础,也为国际上生物毒素研究领域提供了不可或缺的工具。
上述样品库和数据库,助力实验室取得了一系列具有国际影响和重要应用价值的研究成果:在PNAS、Nat Commun、J Clin Invest、Nat Comput Sci、PLoS Biol、EMBO J、Adv Sci等期刊发表SCI研究论文300余篇;出版《中国动物多肽毒素》等著作8部;授权国际发明专利5项、国家发明专利40余项和软件著作权3项;获I类新药临床批件1个;获湖南省自然科学一等奖1项(中国蜘蛛肽类毒素组学及其结构和功能研究,2012年)、湖南省科技进步一等奖2项(蛋白质化学与蛋白质组学技术平台发展与应用,2007年;蜘蛛毒素的结构与功能研究,2004年)、湖南省首届“优秀研究生导师团队”奖、首届湖南省“颠覆性技术创新大赛”十强项目奖、首届长沙市“优秀发明团队”奖等。